לאחר סיום הכיבוש והחלוקה, הקימו היהודים משכן גדול וקבוע בשילה.
ירושלים, ובתוכה הר המוריה, המקום המיועד לבית המקדש, עדיין היה כבוש בידי היבוסיים, ולכן בנו את המשכן במיקום אחר, בשילה שבדרום השומרון, בשטח נחלתו של שבט אפרים.

משכן זה היה שונה מהמשכן במדבר, שכן בניגוד למשכן במדבר שהיה עשוי כאוהל – משכן שילה היה בנוי מאבנים ולמעשה היה בית קבע, למעט שינוי אחד: במשכן שילה לא הייתה תקרה, אלא פרסו עליו מלמעלה את יריעות המשכן מהמדבר. הסיבה לכך הייתה כדי לבדל את משכן שילה, הקבוע אמנם ולא צריך לנדוד אך עדיין זמני, מהמקדש העתיד להיבנות בירושלים.

משכן שילה עמד על תילו לאורך כל תקופת ספר שופטים בתנ"ך, וחרב רק בסוף ימי עלי הכהן, כמסופר בתחילת ספר שמואל. מספר השנים שעמד משכן שילה, הוא 369 שנים – מספר שנים המתקרב למספר השנים של המקדשות בירושלים.
בשל מרכזיותו של משכן שילה, נאסרו בתקופתו הבמות. כל זמן שלא נבנה המקדש בירושלים, לא היה מקום אחד ויחיד עבור הקרבת קורבנות לה'. כל אדם שרצה להקריב קורבן, כדי להודות לה' על משהו שקרה לו, או כדי לכפר על מעשה שעשה – היה יכול לצאת מחוץ לביתו, להקים מזבח ולהקריב עליו קורבן. הקורבנות היחידים שאותם היה מותר להקריב רק במשכן, היו קורבנות עבור כלל הציבור – כמו קורבנות התמיד מידי יום וקורבנות המוסף בשבתות ובחגים.

בזמן שמשכן שילה עמד במקומו, נאסרו הבמות. מי שרצה להקריב קורבן, כל קורבן שהוא, היה חייב להגיע למשכן בשילה ולהקריב שם.
לאחר חורבן משכן שילה, הותרו מחדש הבמות ונאסרו שוב – והפעם לתמיד, רק כשנבנה המקדש במקומו הקבוע והסופי – הר המוריה בירושלים.